青年直井玲斗因与前东家的纠纷而被捕，毫无背景也没有后盾可依靠的玲斗，本以为逃不过入狱的命运，没想到，一名律师带着神秘委托前来。为了重获自由，玲斗同意律师转达的条件——获释后愿意遵从委托人的命令。很快地，玲斗的案件顺利解决，等着他的神秘委托人，竟是玲斗过世母亲的异母姊姊千舟！千舟要求玲斗实现约定，遵从她的命令——成为神社管理者，守护巨大的神木。玲斗本以为这份工作平淡无奇，没想到神木樟树的传说似乎深植人心，许多心怀秘密的人们来向樟树「祈念」，亦有人千方百计想要「知道那些秘密」。玲斗也因此开始发掘自己家族的过去，以及樟树祈念的真相……